На драфте НХЛ 1990 года выбран в 1 раунде под общим 5 номером командой «Питтсбург Пингвинз». В Национальной хоккейной лиге выступал с 1990 года по 2008 год. Результат в первом сезоне: регулярный чемпионат (80 матчей) — 27 шайб, 30 передач: плей-офф (24 матча), 3 шайбы, 10 передач). И во втором тоже — при более выдающихся показателях: регулярка — 70 матчей, 32 шайбы, 37 передач; плей-офф: 21 матч, 11 шайб, 13 передач. После этого Ягр уже не выиграет командных трофеев в составе Питсбурга, зато пять раз станет лучшим бомбардиром регулярного чемпионата НХЛ — «Арт Росс Трофи» ему вручали в 1995, 1998, 1999, 2000 и 2001 годах. Во время локаута НХЛ играл в России за омский «Авангард». 4 июля 2008 года подписал с «Ястребами» полноценный контракт по системе «2+1».